Republika Hrvatska u okviru IPA komponente II sudjeluje u 5 prekograničnih programa i u 2 transnacionalna programa:

● Prekogranični program Slovenija – Hrvatska

● Prekogranični program Mađarska – Hrvatska

● Jadranska prekogranična suradnja
● Prekogranični program Hrvatska – BiH

● Prekogranični program Hrvatska – Crna Gora
● Prekogranični program Hrvatska – Srbija
● Jugoistočna Europa (SEE)

● Mediteran (MED)

Svaki program prekogranične suradnje ima svoj operativni program.

Osnovni prioriteti IPA komponente II su:

● poticanje prekogranične suradnje

● održivi razvoj okoliša

● razvoj tržišta - gospodarski razvoj

● poboljšanje suživota na vanjskim granicama EU

● poboljšanje kvalitete života u graničnim područjima

● izgradnja kapaciteta lokalnih/regionalnih/nacionalnih institucija za provedbu EU programa.

Osnovni uvjeti za prijavu na natječaj u sklopu prekograničnih programa su:

1.  predlagatelji projekta moraju biti neprofitne pravne osobe 

2.  prijavitelji projekta obavezni su sufinancirati 15% projekta vlastitim sredstvima
3.  moraju imati minimalno jednog prekograničnog partnera

4.  prekogranični karakter projekta mora biti jasno vidljiv te se mora provoditi i imati pozitivan utjecaj s obje strane granice.